200 000 gatunków: jak wygląda mapa Twojego mikrobiomu

Sekwencjonowanie III generacji pozwala odróżnić pojedyncze gatunki bakterii i grzybów z dokładnością, jaką wcześniej dawały wyłącznie badania laboratoryjne trwające tygodnie. W wyniku SPARKbiom widzimy nie tylko obecność drobnoustrojów, ale ich udział procentowy w całym ekosystemie jelitowym.

Co właściwie mierzymy

Każda próbka przechodzi przez proces izolacji DNA, amplifikacji regionów 16S i 18S, a następnie odczytu długich fragmentów sekwencji. Baza referencyjna obejmuje ponad 200 000 opisanych gatunków — od bakterii, przez grzyby, po pierwotniaki.

Najliczniejszym rodzajem w typowej próbce jelitowej pozostaje Eubacterium rectale, producent maślanu — jednego z kluczowych krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA) odżywiających nabłonek jelita.

“Skład mikrobiomu to nie lista gatunków — to mapa relacji, które decydują o tym, jak organizm trawi, broni się i reguluje nastrój.”

Dlaczego rozdzielczość gatunkowa ma znaczenie

Starsze metody sekwencjonowania krótkich odczytów często nie potrafią rozróżnić blisko spokrewnionych gatunków — a to właśnie na tym poziomie zachodzą największe różnice funkcjonalne. Dwa szczepy z tego samego rodzaju mogą mieć zupełnie odmienny wpływ na stan zapalny czy metabolizm.

• Identyfikacja do poziomu gatunku, nie tylko rodzaju
• Wykrywanie patogenów oportunistycznych o niskiej liczebności
• Porównanie z kohortą referencyjną 600+ osób

Pełną interpretację wyniku — w tym analizę funkcjonalną 13 koszyków metabolicznych — omawiamy w kolejnym artykule poświęconym raportowi PICRUSt2.